Terdampak dari pembangunan Flyover Manahan, para PKL yang berjualan di Jalan dr Moewardi dan MT Haryono harus berpindah dari lokasi tersebut. Dalam hal ini Dinas Perdagangan sudah menginformasikan kepada para PKL untuk mensterilkan tempat tersebut saat mulai pembangunan Flyover.
Pembangunan Flyover Manahan akan memangkas separuh lebih dari badan jalan, sehingga hanya tersisa sedikit jalan di Jalan dr Moewardi. Kepala Bidang PKL Dinas Perdagangan, Didik mengatakan Dinas Perdagangan belum memberi kepastian tanggalnya untuk para PKL mensterilkan tempat tersebut.
Pembangunan Flyover Manahan juga memindahkan PKL yang berjualan di jalur lambat Jalan MT Haryono, karna akan dialihfungsikan sebagai jalur utama.